Il borgo è sorto nel 1890 come insediamento di fortuna di alcuni pescatori di origine napoletana in un’area ancora non completamente bonificata e quindi particolarmente inospitale. Di quell’epoca è rimasta solamente la statua di San Nicola di Bari (patrono di marinai e pescatori), realizzata in marmo di Trani e donata ai primi abitanti del luogo dalla Pia Associazione di San Nicola della Basilica pontificia di Bari. Intorno al 1920 fu invece realizzata la chiesetta di San Nicola su via delle Quinqueremi.

L’area fu completamente riqualificata negli anni 1930 grazie all’interessamento della celebre critica d’arte Margherita Sarfatti, che si adoperò per far realizzare le moderne casette a due piani dislocate intorno alla piazza principale del borgo. Il centro abitato è stato ufficialmente denominato Borghetto dei Pescatori con deliberazione del Consiglio comunale di Roma n° 47 del 26 gennaio 1949.