La fondazione di un borghetto fortificato nei pressi delle rovine di Ostia antica viene attribuita a papa Gregorio IV, che nel IX secolo avrebbe realizzato le mura e un fossato attorno alla chiesa di Sant’Aurea. Questa tradizione è corroborata anche dal fatto che il borgo divenne noto col nome di Gregoriopoli, proprio in onore del pontefice.

Agli inizi del XV secolo papa Martino V, impegnato nella ricostituzione dello Stato Pontificio dopo la fine dello Scisma d’Occidente, fece erigere un torrione circolare a guardia del Tevere (che allora aveva un corso ben diverso dall’attuale) presso il borgo di Gregoriopoli.

Sul finire del secolo, il cardinale Guglielmo d’Estouteville (vescovo di Ostia) promosse il ripristino della cinta muraria e la costruzione della moderna cattedrale di Sant’Aurea, progettata dall’architetto fiorentino Baccio Pontelli; dopo di lui l’allora cardinale e vescovo di Ostia Giuliano della Rovere (futuro papa Giulio II) fece erigere la rocca, fortemente voluta da papa Sisto IV e progettata sempre da Pontelli.

Il borgo fu assediato ed espugnato nel 1556 da Fernando Alvarez de Toledo, duca d’Alba, e perse la sua importanza strategica nel 1557, quando una devastante alluvione mutò il corso del Tevere.