Il palazzo vescovile fu probabilmente realizzato nel XV secolo su iniziativa del cardinale-vescovo di Ostia Guglielmo d’Estouteville, nell’ambito degli interventi per la ricostruzione della cattedrale di Sant’Aurea e il restauro delle mura cittadine del borgo di Ostia Antica.

L’episcopio fu certamente ampliato e abbellito da uno dei successori di d’Estouteville, ovvero il cardinale-vescovo Raffaele Riario (pronipote di Sisto IV e cugino di secondo grado di Giulio II), divenuto vescovo di Ostia nel 1511.

Agli anni 1506-1512 risalgono gli affreschi del Salone Riario, che Giorgio Vasari attribuì a Baldassarre Peruzzi e a Cesare da Sesto (mentre un solo episodio è attribuito al pittore Domenico Beccafumi). Il ciclo di affreschi ritrae scene della guerra dell’imperatore Traiano contro i Daci, ispirate molto probabilmente dai rilievi della Colonna Traiana; una sola scena, quella “conclusiva” dei Funerali di Traiano dipinta dal Beccafumi, sarebbe stata ispirata da altre fonti.

Gli affreschi rimasero coperti per diversi secoli, probabilmente in concomitanza con la trasformazione dell’episcopio in lazzaretto, e sono stati considerati perduti fino al 1977, quando padre Geremia Sangiorgi (allora parroco di Ostia Antica) li riscoprì e li ricollegò ai suoi autori.